愛爾眼科學院綜合辦公室是學院全面負責研究生教育教學及日常管理工作的管理機構。職能如下：

1. 負責碩士、博士研究生招生工作，包括招生計劃制定、招生目錄編制、招生信息發布、報名組織、考務組織、復試組織、錄取上報工作等。

2. 負責研究生招生宣傳工作，包括宣傳方案擬定、宣傳材料制作、宣傳用品設計、宣傳組織等。

3. 負責碩士、博士研究生培養方案的修訂，培養基地管理及培養質量督導工作。

4. 負責碩士、博士研究生教學管理，包括研究生課程管理及教學質量的監督，教學經費預算管理，研究生業務經費下撥與導師工作量核算。

5. 負責碩士、博士研究生在學期間科研工作的監督與管理。

6. 負責碩士、博士研究生學位管理，包括專業學位授予管理及學位授予工作；論文送審資格審查、評審、畢業證書與注冊管理，學籍異動管理；學術規范化建設及檔案管理。

7. 負責學生思想政治、社會實踐、心理健康教育與生活、安全教育管理。

8. 負責學院公文處理及外聯宣傳。

9. 負責管理學院用印事宜。

10. 負責編制及管理學院運行開支及人員工資、津貼發放工作。

   綜合辦公室人員設置